横向课题与纵向课题主要在以下五个方面存在区别：

1、性质定义：横向课题是指企事业单位、兄弟单位委托的各类科技开发、科技服务、科学研究等方面的项目，以及部门非常规申报渠道下达的项目。此外，申请文件的承担单位中没有本单位署名的纵向项目，由承担单位转拨本单位的子课题或者外协经费，一般也按横向项目对待。而纵向课题则是指上级科技主管部门或机构批准立项的各类计划（规划）、基金项目，包括国家级、省部级以及市厅级等。
2、经费来源：横向课题的经费主要来源于企业，用于帮助企业解决某个技术方向的问题。而纵向课题的经费则来源于国家，是由国家资助的，结合国家重大需求进行研究，内容更加侧重于基础研究。
3、获取难易程度：横向课题的来源很广，相对容易获得，研究内容可能更贴近社会需要。而纵向课题则是由部门（或者受部门委托）下达的带有一定的指导性的研究项目，获取难度较大。
4、评职认定：在科研评价体系中，横向课题一般不被评职称单位认可。而纵向课题则常用于评职称中，是衡量一个单位科研水平的重要指标。
5、研究内容与目的：横向课题以解决具体问题为目的，因而往往课题专业性比较强，可能涉及科学研究类、技术攻关类、决策论证类、设计策划类、软件开发类等。而纵向课题则更注重于基础研究或某一领域的深入探索。

总的来说，横向课题与纵向课题在性质、经费来源、获取难易程度、评职认定以及研究内容与目的等方面存在明显的区别。